Počínaje rokem 2016 se naplno rozběhl proces předkládání a realizace projektových žádostí z operačních programů ESF/ESIF v rámci nového programového období 2014 – 2020. Většina žádostí předkládaných Univerzitou Karlovou směřovala do Operačního programu Výzkum, vývoj a vzdělávání (OP VVV), dalšími využívanými tituly jsou Operační programy Praha – Pól růstu (OP PR), Operační program Zaměstnanost (OP Z) a Operační program Životní prostředí (OP ŽP).

Odbor projektové podpory řídí realizaci tzv. celouniverzitních projektů. Jedná se o projekty, jejichž aktivity probíhají na více fakultách/součástech UK. Zároveň pracovníci odboru monitorují realizaci projektů fakultních – tedy projektů, jejichž aktivity jsou realizovány jednotlivými fakultami samostatně.