Cílem Fondu vzdělávací politiky je podporovat aktivity VVŠ mající systémový charakter a vytvořit rezervu pro případ neočekávaných a mimořádných událostí. Tyto aktivity se obvykle týkají většího počtu VVŠ. Fond vzdělávací politiky proto obsahuje dvě základní oblasti – oblast podpory rozvoje systému vysokého školství a oblast podpory reagující na neočekávané a mimořádné události. Finanční prostředky mohou být poskytnuty VVŠ jako příspěvek nebo jako dotace.