Cílem Institucionálního programu je přispět k naplňování jednotlivých prioritních cílů Dlouhodobého záměru MŠMT a Dlouhodobého záměru Univerzity Karlovy.

Předpokladem pro poskytnutí příspěvku veřejným vysokým školám (dále jen „VŠ“) prostřednictvím MŠMT je vypracování a předložení institucionálního plánu. Tento institucionální plán musí být ministerstvem projednán a schválen. Prostřednictvím institucionálního plánu pak VŠ deklaruje záměr dosáhnout konkrétních cílů vycházejících jak z Dlouhodobého záměru vzdělávací a vědecké, výzkumné, vývojové a inovační, umělecké a další tvůrčí činnosti pro oblast vysokých škol na období 2016–2020, tak z vlastního dlouhodobého záměru vzdělávací a vědecké, výzkumné, vývojové a inovační, umělecké nebo další tvůrčí činnosti a jeho plánů realizace pro konkrétní kalendářní roky.